Klub je leta 1974 osnoval Marko Brežan iz Klavž. Ime nosi po znamenitem tolminskem puntu, ki ga je leta 1713 s Kneže vodil domačin Šimen Golja, kateri je tudi upodobljen v grbu. Kot uradni začetek se šteje turnir na Mostu na Soči, ko fantje iz Baške grape 25. maja 1974 prvič združeno zaigrajo pod imenom Puntar. Prvi turnir osvojijo leta 1975 v t. i. Divji ligi, ki se je odvijala na travnatem igrišču v Tolminu. Od leta 1974 do 1985 so igrali pretežno lokalne turnirje, ki so potekali na travnatih in asfaltnih zunanjih igriščih. Po uradno dostopni klubski statistiki so v tem obdobju zbrali 277 nastopov, od tega 173 zmag, 28 remijev in 76 porazov.

Kakovost in želja po dokazovanju v širšem (regionalnem) okolju leta 1986 botrujeta prestopu občinske meje. Podajo se v Slovenski revijalni pokal (SRP), ki je bilo vseslovensko tekmovanje, kjer so nastopale najboljše malonogometne ekipe. Sodelovali so na šestih tovrstnih izvedbah (1986, 1987, 1990, 1993, 1994 in 1995), največji uspeh pa zabeležili leta 1986 v Celju, ko v skupnem seštevku več turnirjev osvojijo končno četrto mesto.

Leta 1991 pričnejo z nastopi v državnem prvenstvu, ki je v času do ustanovitve lige potekalo v obliki turnirjev. Sodelovali so na treh tovrstnih izvedbah (1991, 1992 in 1995), največji uspeh pa zabeležili leta 1992 na Škofijah, ko osvojijo bron (končno tretje mesto).

Vse večji razvoj malonogometne igre je botroval številnim organizacijskim spremembam - klub se 17. novembra 1994 uradno registrira. Leta 1995 je Komisija za mali nogomet pod okriljem Nogometne zveze Slovenije razpisala ligaško tekmovanje (1. SLMN) z desetimi sodelujočimi moštvi. Puntarjem tega leta ne uspe preboj med elito. Napredovanje si zagotovijo leto kasneje (25. maja 1996), ko na kvalifikacijskem turnirju prvakov zahodne skupine (predhodna oblika današnje 2. lige zahod) v Tolminu osvojijo prvo mesto. Z uvrstitvijo med elito postane prizorišče treningov in tekem športna dvorana Šolskega centra Tolmin.

Danes velja Puntar za enega najstarejših še aktivno delujočih malonogometnih kolektivov v Sloveniji. V vseh teh letih je klub prehodil pot od tolminskega divjeligaša, državnega in pokalnega prvaka, do evropske ekipe. Leta 2007 "uporniki" namreč krstno zaigrajo v evropski futsal ligi prvakov (UEFA Futsal Cup) in osvojijo končno 18. mesto v konkurenci 42-ih ekip.

Prva uradna tekma pod imenom Puntar
Most na Soči - sobota, 25. maj 1974
Puntar - Trenta 10:1

Prva prvoligaška tekma
Ljubljana - dvorana Kodeljevo, sobota, 21. september 1996
Vuko Elektro Rogič - Puntar 2:0

Prvi prvoligaški gol
Ptuj - dvorana SŠ Center, petek, 4. oktober 1996, 3. krog
Poetovio - Puntar 6:4
Strelec: Matej Kavčič

Prva prvoligaška zmaga v gosteh
Maribor - dvorana Tabor, sobota, 19. oktober 1996, 5. krog
Agencija Luvin - Puntar 2:3

Prva prvoligaška zmaga doma
Tolmin - dvorana ŠC, sobota, 2. november 1996, 6. krog
Puntar - Interier MF Ključarovci 4:1

Prvi v klubu 100 golov
Škofije - dvorana Burja, petek, 18. januar 2002, 11. krog
Beton Lucija - Puntar Alpkomerc 6:5
Damjan Drole (13. minuta)

Prvi jesenski naslov
Sezona 2001/2002 - 8 zmag, 1 remi, 0 porazov - 25 točk

Prvi pokalni naslov
Kobarid - športna dvorana, nedelja, 7. marec 2004, finale
Oplast Kobarid - Puntar Alpkomerc 2:6

Prvi državni naslov
Tolmin - dvorana ŠC, torek, 15. maj 2007, četrta tekma finala končnice
Puntar Mercator - Gip Beton MTO Zagorje 5:2

Prvi super pokalni naslov
Tolmin - dvorana ŠC, torek, 2. september 2008
Puntar Casino Safir - Gorica 4:2

Prvi naslov državnih prvakov U-21
Tolmin - dvorana ŠC, sobota, 17. maja 2008, finale
Puntar Casino Safir - Dobovec 4:2

Prvi naslov državnih prvakov U-19
Tolmin - dvorana ŠC, 1. april 2006, finale
Puntar - Oplast Kobarid 5:2

Prva evropska tekma, zmaga in gol
Tolmin - dvorana ŠC, četrtek, 16. avgust 2007, UEFA Futsal Cup skupina F, predkrog
Puntar Casino Safir - London White Bear (Anglija) 5:3
Strelec: Boštjan Uršič (3. minuta)

UEFA Futsal Cup - Tolmin 16. avgust 2007